Thủ phạm chính của BOT bẩn là Bộ giao thông vận tải (BGTVT), vì khi thương lượng và ký kết việc đặt trạm thu phí với các nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án BOT, những người được giao thẩm quyền đã bất chấp quy định pháp luật để cho phép đặt trạm thu phí sai chỗ. Còn doanh nghiệp BOT chỉ là những kẻ đồng lõa vì lòng tham vô đáy của họ.